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______________________________________________________ Revista Cientíca, FCV-LUZ / Vol. XXXIII, Supl. Esp., 157 - 159, 2023
BIOTECHNOLOGY & OMICS TECHNOLOGIES
Biotecnología y Tecnologías Ómicas
Performance of the Illumina GGP Bovine 100K
SNP array for bualo populations genotyping in
Colombia
William Burgos-Paz1*, Yolanda Gómez-Vargas2,
Edison J. Ramírez-Toro3
1Corporación colombiana de investigación Agropecuaria-
AGROSAVIA. Centro de investigación Turipaná, Córdoba,
Colombia
2 Centro de investigación Tibaitatá, Cundinamarca, Colombia
3 Centro de investigación El Nus, Antioquia, Colombia
*Corresponding author: wburgos@agrosavia.co
ABSTRACT
The selection of bualoes in Colombia is primarily based
on the assessment of genetic merit or performance testing. De-
spite the availability of bualo-specic genotyping tools, their
cost limits routine implementation for genomic selection in the
country. Therefore, we conducted an evaluation of single nucle-
otide polymorphism (SNP) arrays originally designed for cattle
to determine their potential applicability in genetic evaluation of
Colombian bualo populations. Eight DNA samples from buf-
falo individuals belonging to the Murrah, Mediterranean, and
crossbred genetic groups were genotyped using the Illumina
Bovine HD770K Array. SNPs that overlapped with the GGP-
HD150K and GGP-LD30K microarrays (Illumina) were speci-
cally selected considering commercial chip availability. Subse-
quently, 24 additional samples were analyzed using the GGP
Bovine 100K array. Allele segregation, heterozygosity, genet-
ic structure, and genomic association to weight at 25 months
were calculated. Out of the 734,240 identied SNPs, 86,521
(11.7%) exhibited uniform segregation in bualoes across
chromosomes ranging from 10.8% for Chr11 to 12.5% in Chr
12. By extracting segregating SNPs in HD770K from the GGP-
HD150K and GGP-LD30K chips, we identied 15,169 and
3,311 markers, respectively. Analysis using the GGP Bovine
100K revealed 5,995 segregating SNPs, of which 42.01% had
Ho<=0.5. On average, the observed heterozygosity in bua-
loes was higher than cattle. Genetic structure among the three
included genetic groups was successfully detected using 2,519
SNPs (Ho<=0.5). Moreover, 6 and 20 SNPs with FDR 0.05 and
Rendimiento del sistema Illumina GGP Bovine
100K SNP para el genotipado de poblaciones de
búfalos en Colombia
William Burgos-Paz1*, Yolanda Gómez-Vargas2,
Edison J. Ramírez-Toro3
1Corporación colombiana de investigación Agropecuaria-
AGROSAVIA. Centro de investigación Turipaná, Córdoba,
Colombia
2 Centro de investigación Tibaitatá, Cundinamarca, Colombia
3 Centro de investigación El Nus, Antioquia, Colombia
*Autor de correspondencia: wburgos@agrosavia.co
RESUMEN
La selección de búfalos en Colombia se basa princi-
palmente en la evaluación del mérito genético o pruebas de
desempeño. A pesar de la disponibilidad de herramientas de
genotipado especícas para búfalos, su costo limita la imple-
mentación rutinaria de la selección genómica en el país. Por lo
tanto, llevamos a cabo una evaluación de matrices de polimor-
smos de un solo nucleótido (SNP) diseñadas originalmente
para ganado vacuno para determinar su potencial aplicabilidad
en la evaluación genética de poblaciones de búfalos colombia-
nos. Se genotiparon ocho muestras de ADN de individuos de
búfalo pertenecientes a los grupos genéticos Murrah, Medite-
rráneo y mestizos utilizando el Illumina Bovine HD770K Array.
Los SNP que se superpusieron con los microarrays GGP-
HD150K y GGP-LD30K (Illumina) se seleccionaron especí-
camente considerando la disponibilidad de chips comerciales.
Posteriormente, se analizaron 24 muestras adicionales utili-
zando la matriz GGP Bovine 100K. Se calculó la segregación
de alelos, la heterocigosidad, la estructura genética y la aso-
ciación genómica con el peso a los 25 meses. De los 734.240
SNP identicados, 86.521 (11,7%) exhibieron una segregación
uniforme en búfalos en todos los cromosomas que oscilaban
entre el 10,8% para Chr11 y el 12,5% en Chr 12. Al extraer
los SNP segregantes en HD770K de los chips GGP-HD150K
y GGP-LD30K, identicaron 15.169 y 3.311 marcadores, res-
pectivamente. El análisis utilizando GGP Bovine 100K reveló
5.995 SNP segregantes, de los cuales el 42,01% tenía Ho <=
0,5. En promedio, la heterocigosidad observada en los búfalos
BOT-185 Rev. Cientif. FCV-LUZ, XXXIII, SE, 157-158, 2023, https://doi.org/10.52973/rcfcv-wbc035
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13th World Bualo Congress ~ 13er Congreso Mundial de Búfalos / Short oral communications / Biotechnology & Omics Technologies ____
0.1 respectively, were associated with weight at 25 months,
Notably, some of these SNPs located in genomic regions har-
boring genes such as SLC24A4 or RPUSD4 were previously
reported associated with conformation traits or feed eciency
in cattle. Considering the current scenario, the cost-benet ratio
analysis favors use of the GGP Bovine 100K array, as an initial
strategy to support genetic structure of the populations, parent-
age testing and future genomic evaluation trials in bualoes.
Keywords: cost-benet, genomic selection, heterozygosity,
segregation.
fue mayor que en el ganado vacuno. La estructura genética
entre los tres grupos genéticos incluidos se detectó con éxito
utilizando 2519 SNP (Ho <= 0,5). Además, 6 y 20 SNP con
FDR 0,05 y 0,1 respectivamente, se asociaron con el peso
a los 25 meses. En particular, algunos de estos SNP fueron
ubicados en regiones genómicas que albergan genes como
SLC24A4 o RPUSD4, previamente reportados asociados con
rasgos de conformación o eciencia alimenticia en ganado va-
cuno. Considerando el escenario actual, el análisis de relación
costo-benecio favorece el uso del array GGP Bovine 100K
como estrategia inicial para sustentar la estructura genética de
las poblaciones, pruebas de paternidad y futuros ensayos de
evaluación genómica en búfalos.
Palabras clave: costo-benecio, selección genómica, hetero-
cigosidad, segregación.
