DOI: https://doi.org/10.52973/rcfcv-e32144
Recibido: 24/04/2022 Aceptado: 10/06/2022 Publicado: 18/07/2022
1 de 7
Revista Cientíca, FCV-LUZ / Vol. XXXII, rcfcv-e32144, 1 - 7
RESUMEN
El objetivo de esta investigación fue identicar los genes involucrados
en el metabolismo de lípidos y grasa intramuscular (GIM), por medio
del análisis de transcriptoma en Longissimus dorsi e hígado, en cerdos
de engorde con dieta suplementada con harina de aguacate (HA),
así como su efecto sobre el peso nal, pH
45
y GIM. Se alimentaron
ocho cerdos castrados en cada dieta, una con HA al 0% (HA0) y
otra con 10% (HA10). El análisis de transcriptoma fue realizado
con secuenciación masiva (ARN-Seq), con el método DESeq2 se
identicaron genes a partir de 12 muestras, tres por dieta y tejido,
para obtener diferencialmente la expresión génica (DEG) de los Log
2
Fold Change (Log
2
FC) de HA0 vs HA10, considerando valores de P<0,10
a P<0,01-E10. Suplementar con HA10 no afectó el peso nal (107,6 kg),
pero si aumentó el pH
45
(6,0) y disminuyó la GIM (5,3%). Comparando
las dietas HA0 vs HA10, se identicaron en L. dorsi más genes con alta
DEG Log
2
FC (UP) en HA0, que se han relacionado con mayor inuencia
en el aumento de GIM. Con valores más altos de Log
2
FC y P<0,001 se
identicaron a genes UP en HA10 más asociados al metabolismo
de los ácidos grasos; once genes para L. dorsi (ABCG1, ADORA1,
BMPR1B, FABP3, FRZB, ITGB6, MYLIP, RGN, RORC, RXRG, SPOCK3)
y trece genes para hígado (CA3, CDKN1A, FADS1, FADS2, GABRB2,
PCK2, PLIN4, RETSAT, ROBO2, RORC, SLC27A6, SOCS2, SPOCK3).
Las correlaciones entre los valores Log
2
de expresión de los genes
con GIM, identican en L. dorsi a 19 genes con correlación positiva
(0,80-0,97) y 13 con correlación negativa (0,80-0,98), y en hígado a seis
genes con correlación positiva (0,80-0,92) y nueve con correlación
negativa (0,80-0,94). La HA afecta la GIM y ocasiona cambios en la
expresión de genes asociados al metabolismo de lípidos.
Palabras clave: ARN-Seq; harina de aguacate; grasa intramuscular;
transcriptoma
ABSTRACT
The objective of this research was to identify the genes involved
in the metabolism of lipids and intramuscular fat (IMF), through
transcriptome analysis in Longissimus dorsi and liver, in fattening
pigs with a diet supplemented with avocado meal (AM), as well as their
effect on the nal weight, pH
45
and GIM. Eight castrated pigs were fed
on each diet, one with 0% AM (HA0) and another with 10% (HA10).
The transcriptome analysis was performed with massive sequencing
(RNA-Seq), with the DESeq2 method, genes were identied from 12
samples, three per diet and tissue, to differentially obtain the gene
expression (DEG) of the Log
2
Fold Change (Log
2
FC) of HA0 vs HA10,
considering values from P<0.10 to P<0.01-E10. Supplementing with
HA10 did not affect nal weight (107.6 kg), but it did increase pH
45
(6.20)
and decreased IMF (5.83%). Comparing the HA0 vs HA10 diets, more
genes with high DEG Log
2
FC (UP) in HA0 were identied in L. dorsi,
which have been related to a greater inuence on the increase in IMF.
With higher Log
2
FC values and P<0.001, UP genes were identied in
HA10 more associated with fatty acid metabolism; eleven genes for
L. dorsi (ABCG1, ADORA1, BMPR1B, FABP3, FRZB, ITGB6, MYLIP, RGN,
RORC, RXRG, SPOCK3) and thirteen genes for liver (CA3, CDKN1A, FADS1,
FADS2, GABRB2, PCK2, PLIN4, RETSAT, ROBO2, RORC, SLC27A6, SOCS2,
SPOCK3). The correlations between the Log
2
expression values of the
genes with IMF identify 19 genes with a positive correlation (0.80-0.97)
and 13 with a negative correlation (0.80-0.98) in L.dorsi, and six genes
with a positive correlation in liver (0.80-0.92) and nine with negative
correlation (0.80-0.94). AM affects IMF and causes changes in the
expression of genes associated with lipid metabolism.
Key words: RNA-Seq; avocado meal; intramuscular fat; transcriptome
Identicación ARN-Seq de genes del metabolismo lipídico asociados a grasa
intramuscular mediante análisis de transcriptoma del Longissimus dorsi e
hígado en cerdos alimentados con suplemento de harina de aguacate
RNA-Seq identication of lipid metabolism genes associated with intramuscular fat by
transcriptome analyses of Longissimus dorsi and liver in pigs feed with avocado meal supplement
Clemente Lemus-Flores
1
* , Gilberto Lemus-Ávalos
1
, Job Oswaldo Bugarín-Prado
1
, Fernando Grageola-Núñez
1
,
Karina Mejía-Martínez
1
y Roberto Valdivia-Bernal
1
1
Universidad Autónoma de Nayarit, Posgrado en Ciencias Biológico Agropecuarias, Laboratorio de Fisiología Nutricional y Genética Animal. Tepic, Nayarit, México.
*Correo electrónico: clemus@uan.edu.mx
Genes de metabolismo lipídico en cerdos alimentados con Harina de Aguacate / Lemus-Flores y col. ____________________________________
2 de 7
INTRODUCCIÓN
La grasa intramuscular (GIM) es importante como un indicador
de calidad de la carne, ya que se asocia a sabor y jugosidad de ésta,
actualmente los diversos estudios indican que se puede modular
y hacerla más saludable [26, 42]. El uso de diferentes fuentes
alimenticias y nutrientes en la dieta de los cerdos (Sus scrofa) impacta
en la cantidad y calidad del tejido adiposo y GIM, modicando el
perl de lípidos [5, 6, 11, 26, 41]. La expresión de genes es diferente
de acuerdo con la fuente nutricional, en músculo e hígado y también
diere de acuerdo con la raza de cerdo [34, 39, 43].
Con técnicas actuales como ácido ribonucleico (ARN)-Seq se han
identicado genes relacionados con la GIM y el metabolismo de los
lípidos, lo que han permitido comprender, qué mecanismos biológicos
se afectan y el impacto que tiene la fuente nutricional que se emplea
[7, 29, 32, 36, 41]. De acuerdo con resultados publicados con el uso del
aguacate (Persea americana Mill.) en la dieta de cerdos, se conoce que
es una fuente de lípidos y antioxidantes que mejoran el perl de los
ácidos grasos (AG) del músculo, aumenta antioxidantes, y el consumo de
esta carne producida tiene efectos benécos en humanos [16, 17, 24]. El
objetivo de esta investigación fue identicar los genes involucrados en
el metabolismo de lípidos y GIM, por medio del análisis de transcriptoma
en Longissimus dorsi e hígado, por efecto de suplementación con harína
de aguacate (HA) en la dieta de cerdos en engorde (CdE), así como su
efecto sobre el peso nal (PF), pH
45
y GIM.
MATERIALES Y MÉTODOS
Animales y dietas
Dieciséis cerdos castrados de la raza Yorkshire-Landrace, con un
peso inicial aproximado de 55 kilogramos (kg), alimentados con las
dietas experimentadas y fueron distribuidos de forma aleatoria, con
igual número a dos tratamientos (Tr). Se alojaron en corrales individuales
con libre acceso a alimento y agua, siguiendo las recomendaciones
de la norma ocial mexicana NOM-062-ZOO-1999 [31] para su cuidado
y atención. El experimento tuvo una duración de 56 días (d) más
cinco d previos de adaptación a instalaciones y alimento. Al nal del
experimento, los cerdos fueron sacricados por el método aprobado
en la normativa nacional contenida en la NOM-033-SAG/ZOO-2014 [30].
Las dos dietas fueron isoproteicas con diferente energía metabolizable
de acuerdo con la inclusión de HA, considerando como base maíz (Zea
mays) y harina de soya (Glycine max) (TABLA I). Se elaboraron dos dietas
con suplemento de HA, una con 0 % (HA0) y otra con 10 % (HA10) en
sustitución de maíz. La HA fue obtenida de acuerdo con lo descrito
por Lemus y col. [23] y Lemus-Flores y col. [25].
PF, pH y GIM del Longissimus dorsi
Al inicio y nal del periodo experimental, los cerdos fueron pesados
en una báscula marca Torrey-México modelo 200 con capacidad
de 200 kg. Inmediatamente después del sacricio se recolectaron
muestras de músculo L. dorsi de 100 gramos (g) a cada cerdo a la altura
de la décima costilla. En el músculo L. dorsi restante, a la altura de
la treceava costilla se midió pH a los 45minutos (min) postsacricio
(pH
45
), con potenciómetro marca Hanna-México modelo HI-8424. Las
muestras de músculo L. dorsi se conservaron en congelador marca
Torrey-México modelo CH15 a –20
o
C hasta su uso en laboratorio.
Posteriormente en laboratorio se determinó la porción lipídica GIM de
acuerdo con el método 920.39 de la Association of Ocial Analysis
Chemistry (AOAC) [3].
TABLA I
Ingredientes y composición química de las dietas (base seca)
Ingredientes, %/Dietas HA0 HA10
Maíz 81,205 70,490
Harina de aguacate 0 10
Harina de soya 15,3 15,95
L-Lisina 0,125 0,11
Carbonata de calcio 0,82 0,82
Fosfato de calcio 0,65 0,73
NaCl 0,10 0,10
Premezcla de vitaminas y minerales 0,30 0,30
Zeolita 1,50 1,50
Total 100,00 100,00
Composición química calculada
Mcal·kg
-1
EM 3,85 4,08
Proteína cruda % 14,00 14,00
Lisina % 0,75 0,75
Metionina % 0,24 0,23
Treonina % 0,50 0,50
Ca % 0,50 0,51
Fosforo total % 0,45 0,44
Na % 0,06 0,06
Cl % 0,11 0,10
HA: harina de aguacate con niveles de inclusión de 0 y 10 %; EM: energía
metabolizable
Análisis de transcriptoma en Longissimus dorsi e hígado
Se consideraron 12 muestras totales, tres muestras por cerdo y
dieta experimental para cada tejido. Recolectando inmediatamente
del sacricio, 75 miligramos (mg) de músculo L. dorsi e hígado por
cerdo para la extracción del ARN. Para la extracción del ARN se
empleó el kit Direct-zol™ RNA MiniPrep (Zymo Research, EUA), la
concentración y pureza del ARN se realizó por espectrometría con
NanoDrop Thermo Fisher modelo 2000 [24]. Para la secuenciación
masiva se empleó equipo Nextseq 500Illumina-EUA (www.illumina.
com/company/legal.html), de 76 pares de bases (pb), a partir de las
12 muestras totales. Las secuencias obtenidas fueron mapeadas
contra el genoma de referencia del cerdo Sscrofa11.1 utilizando el
programa Smalt 0.7.6 (https://bioweb.pasteur.fr/packages/pack@
smalt@0.7.6). Los recuentos por gen se llevaron a cabo utilizando
el programa Bamtools (https://bio.tools/bamtools), para filtrar
exclusivamente genes codicantes para proteínas con lectura nal
de 15.760 registros. Con estos registros se realizó un análisis de
expresión diferencial del músculo L. dorsi e hígado, de HA0 vs HA10
para 727 genes asociados al metabolismo de lípidos y reportados
en diversas bibliografías. El Software IDEAmex (http://www.uusmb.
unam.mx/ideamex/) [20] se utilizó para aplicar el método DESeq2 y
obtener diferencialmente la expresión génica (DEG) de los Log
2
Fold
Change (Log
2
FC) del control HA0 vs HA10 considerando valores de
P<0,10 a P<0,01-E10.
________________________________________________________________________Revista Cientica, FCV-LUZ / Vol. XXXII, rcfcv-e32144, 1 - 7
3 de 7
Análisis estadístico
El efecto de la dieta sobre el pH
45
y la GIM se determinó mediante
el análisis de la varianza, bajo un diseño completamente al azar con
covariable utilizando el PF y las comparaciones de medias ajustadas
mediante la prueba de Bonferroni, empleando el programa estadístico
SPSSv20 [38]. Para identicar la función biológica de los genes con
DEG de los Log
2
Fold Change (diferencia HA0-HA10) considerando
valores de P<0,10 a P<0,01-E10, se utilizó la base de datos NCBI y las
bases de datos del genoma de cerdo Ensembl (http://uswest.ensembl.
org/sus_scrofa/info/index), ShinyGO v0.61: Gene Ontology Enrichment
Analysis (http://bioinformatics.sdstate.edu/go/) y Phanter Go (http://
geneontology.org/). Con los valores Log
2
de expresión de los genes del
metabolismo lipídico en L. dorsi e hígado se calcularon las correlaciones
con la GIM, empleando el programa estadístico SPSS v20 [38].
RESULTADOS Y DISCUSIÓN
PF, pH y GIM del Longissimus dorsi
De acuerdo con los resultados presentados en la TABLA II,
suplementar la alimentación de los cerdos con HA al 10% no afectó el
PF, pero si hubo diferencias en los valores de pH
45
y GIM. Suplementar
con HA aumentó el pH
45
y disminuyó la GIM.
El pH
45
alrededor de 6,3 a 6,7 es un indicador tecnológico de calidad
de la carne deseado por los consumidores, cuando es mayor a 6 se
asocia a menos perdida por goteo en la carne [19, 22]. El pH
45
cuando
disminuye de 5,5 se asocia a carnes pálidas suaves y exudativas
(PSE), como fue en los cerdos que se alimentaron sin HA, causa
un incremento en la desnaturalización de la proteína de la carne,
propiciando una alta pérdida por goteo y baja retención de agua [22,
40]. Incluir HA disminuyó la GIM a valor cercano al 6%, que es un
valor mínimo deseado en cerdos ibéricos reconocidos por su alta
calidad de la carne [15]. Los reportes en cerdos comerciales blancos
indican GIM menor a la obtenida con HA, con valores desde 1,3%
[8], 1,6-1,8% [19],2% [9] y 3,5% [21]. La disminución de la GIM fue
una situación similar a la reportada cuando se empleó aguacate en
forma de pasta, disminuyendo al 4,08%. Pero como se ha reportado,
aumentando la cantidad de antioxidantes signicativamente como
son los compuestos fenólicos y tocoferol, así como AG poliinsaturados
(PUFA). Mejorando la calidad de la carne y la estabilidad oxidativa de
grasas y proteína [17, 18]. Soni y col. [37] y Fan y col. [14] también
obtuvieron similares resultados, atribuyen la reducción de los
niveles de GIM a los altos niveles de PUFA omega 6 en la dieta de los
cerdos. Esto sucede con la inclusión de HA como se ha publicado
anteriormente, ya que es una fuente de lípidos poliinsaturados y
antioxidantes que mejoran la calidad de los AG del músculo; con
aumentos de antioxidantes que propician una calidad de la carne
saludable para los consumidores [16,17,24]. Otras fuentes nutricionales
no convencionales como Moringa oleifera también disminuyen GIM y
grasa dorsal [12]. La Moringa oleifera reduce niveles de fosfolípidos,
triglicéridos y colesterol, sugiriendo una reducción del metabolismo de
lípidos y lipogénesis, lo que ocasiona disminución de la grasa corporal
[1]. Igual que en HA, los componentes fenólicos presentes en Moringa
oleifera and Brosimum. Alicastrum contribuyen a la reducción de grasa
ya que juegan un papel importante en la regulación de lípidos [13, 28].
Análisis de transcriptoma en L. dorsi e hígado
La expresión de los genes lipogénicos es diferente en cada tejido
y por efecto de la composición de la dieta, afectando la cantidad y
composición de los lípidos, así como su metabolismo [4, 10, 15, 41].
Esto se puede observar en L. dorsi e hígado, que de acuerdo con
los análisis del método DESeq2 y DEG con Log
2
FC, comparando la
dieta control HA0 vs HA10, de 727 genes asociados al metabolismo
de lípidos buscados, se identicaron 103 en L. dorsi y 71 en hígado,
con 21 genes similares en ambos tejidos (TABLAS III, IV y V). En L.
dorsi proporcionalmente hay más genes con alto DEG Log
2
FC (UP)
que con bajo DEG Log
2
FC (DOWN) en HA0 vs HA10.
Todos estos genes identicados ya tienen reportes de asociación
con el metabolismo de lípidos (http://www.animalgenome.org/QTLdb)
[2, 39, 41]. Dentro de estas funciones biológicas se identican a once
genes DOWN en HA0 y UP en HA10 para L. dorsi y para hígado trece
genes, que tuvieron más alto Log
2
FC y P<0,001.
Con UP en HA0 para L. dorsi e hígado se identican genes con
reportes en cerdos, que se han relacionado con mayor inuencia en
el aumento de GIM, como sucedió en HA0. Wang y col. [41] reportan
en cerdos indígenas Laiwu de China, que se caracterizan por altos
niveles de GIM (9~12%), expresión alta de los genes ADIPOQ, EGR1,
SDC4, SERPINE1, LDLR, ACACA, IGF2, MYOD1, MYOG, SOCS2, ACLY,
CD44y ATF3 a los 240 d de edad cuando tienen más GIM. Tao y col.
[39] también reportan expresión alta de los genes ACACA, C4BPA,
LDLR y SDC4 en cerdos de raza China vs Yorkshire. El gen MYC tiene
reportes de asociación con miogénesis, hiperplasia muscular y
adipogénesis [33]. De acuerdo con Mo y col. [27], el gen BTG2 se
asocia signicativamente con el grosor de la grasa de los glúteos,
el porcentaje de grasa, el porcentaje de músculo magro, la relación
entre magro con grasa y la longitud de la canal.
La identicación de genes con DOWN en HA0 y UP en HA10 para L.
dorsi e hígado se asocian más a las funciones biológicas de las rutas
del metabolismo de lípidos, receptores activados por proliferadores
TABLA II
Comparación de promedios ajustados por la covariable PF entre las dietas de HA
HA0 HA10 EEM R
2
P
Peso inicial, kg 54,62
a
56,41
a
1,33 0,15 0,21
Peso nal, kg 100,11
a
107,60
a
4,50 0,22 0,13
pH
45
5,12
b
6,20
a
0,16 0,94 0,007
Grasa intramuscular, % 8,08
a
5,83
b
0,62 0,72 0,02
HA: harina de aguacate al 0 y10 %; EEM: error estándar de la media; R2: coeciente de determinación del
modelo estadístico; P: valor de probabilidad; ab: literales diferentes superindicadas, indican diferencias
entre dietas con P< valor
FIGURA 1. Identicación de las funciones biológicas de genes con
Log
2
FC DOWN en HA0 y UP en HA10 para Longissimus dorsi
Genes de metabolismo lipídico en cerdos alimentados con Harina de Aguacate / Lemus-Flores y col. ____________________________________
4 de 7
TABLA III
Identicación de genes con DEG Log
2
Fold Change de HA0 vs HA10 en Longissimus dorsi
P Log
2
FC Genes UP HA0 / DOWN HA10 Log
2
FC Genes DOWN HA0 / UP HA10
0,001 1,97
ADIPOQ, ARID5B, ATF3, ATP1A2, BTG2, C4BPA, CTGF,
DNMT3A, EGR1, FOS, GPAT3, HK2, HK3, HSP70.2, JUNB,
KIAA0753, MYC, MYH1, MYH2, NFKBIA, PCK2, PHGDH, PLBD1,
PRKAR2A, RGMB, RYR1, SDC4, SERPINE1, SNAI2, SP1
-1,29
ABCG1, ADORA1, BMPR1B, FABP3, FRZB, ITGB6,
MYLIP, RGN, RORC, RXRG, SPOCK3
0,01 0,76 GAB2, JPH1, LDLR, MOCS1 ---- No identicados
0,05 0,68
ABHD5, ACACA, ADAM22, FAT1, HERC2, IGF2, IGF2R,
ITGA5, KCTD15, KLF2, MYOD1, MYOG, NR3C1, OBSCN,
PRKAG3, PTPN11, RNF115. SAMD4A, SOCS2
-0,65
AAMDC, ABCA5, ADSL, AP2B1, CTSD, EBP,
FGF1, PLA2G6PRDX2, SMPD1, SREBF1
0,1 0,59
ACLY, ATG2B, CD44, CEBPB, CIDEC, DST,
GPD2, GSK3B, KDM2A, KDM7A, MAOA, MDFIC,
NDEL1, PPP2R3A, PRKCI, SCARB1, SOX6
-0,53
ACADVL, APAF1, HHADH, GPAM, DHD,
OXTR, PNPLA2, SLC27A1, ST8SIA5
DEG: diferencialmente la expresión génica; Log
2
FC: Log
2
Fold Change. HA: harina de aguacate al 0 y10 %; P: valor de probabilidad. UP: alto; DOWN: bajo
TABLA IV
Identicación de genes con DEG Log
2
Fold Change del control HA0 vs HA10 en hígado
P Log
2
FC Genes UP HA0 / DOWN HA10 Log
2
FC Genes DOWN HA0 / UP HA10
0,001 1,09
ANO3, BTG2, CAST, CD44, DENND2D, FOS, GALR3, HK3,
HSP70.2, IFITM1, LIPG, PARD, PPP2R3A, SERPINE1
-1,59
CA3, CDKN1A, FADS1, FADS2, GABRB2, PCK2, PLIN4,
RETSAT, ROBO2, RORC, SLC27A6, SOCS2, SPOCK3
0,01 1,08 C4BPA, DNAJA1 -1,16 ACAA1, ACADVL, EPHX2
0,05 1,22
ALOX15, APOM, ATF3, CEBPB, CENPA, CTGF, CTSS,
FCER1G, JUNB, KLF2, MX2, NFKBIA, NPC1L1, PKHD1
-1,03
FAT4, GNRHR, GPAM, HADHA, LRFN2,
SMPD3, SOX6, SPHK2, SREBF1
0,1 0,92 AKR1B1, PARP12, PHKG1, PIK3R5, SMAD6 -0,75
FADS6, GNMT, IDH3B, MDFIC, ME1,
MTHFR, MYLIP, PYGL, SLC24A4
DEG: diferencialmente la expresión génica; Log
2
FC: Log
2
Fold Change. HA: harina de aguacate al 0 y10 %; P: valor de probabilidad. UP: alto; DOWN: bajo
TABLA V
Identicación de genes con DEG Log
2
Fold Change del control HA0 vs HA10 en Longissimu dorsi e hígado
Genes UP HA0 / DOWN HA10 Genes DOWN HA0 / UP HA10
ATF3, BTG2, C4BPA, CD44, CEBPB, CTGF, FOS, HK3, HSP70.2,
JUNB, KLF2, LDLR, NFKBIA, PPP2R3A, SERPINE1
ACADVL, GPAM, MYLIP, RORC, SPOCK3, SREBF1
DEG: diferencialmente la expresión génica; Log
2
FC: Log
2
Fold Change. HA: harina de aguacate al 0 y10 %; P: valor de probabilidad. UP: alto; DOWN: bajo
peroxisómicos (PPAR) y metabolismo de los AG (FIGS.1 y 2). Similares
resultados sucedieron con la dieta HA10 a lo que Benites y col. [4], en
dieta con aceite de girasol (Helianthus annuus), los cuales al igual que
este trabajo, se encontró un aumento en la expresión de los genes RXRG
yFABP. Albuquerque y col. [2] en cerdos Alentejanos, reconocidos por
su calidad de la grasa y carne, encontraron resultados similares que
con la dieta HA10, una baja expresión de genes IGF2 asociado a PPARD,
ADIPOQ, EGR1, FOS y una alta expresión del gen ME1 apoyando la idea
de un aumento de la síntesis de lípidos más que al aumento de la GIM.
La dieta con HA10 disminuyó el contenido de ácido palmítico (16:0),
aumentaron los contenidos de AG araquídico (20:0) y linoleico (18:2 n6),
con incremento de PUFA y las proporciones PUFA/SFA y PUFA/MUFA,
con una disminución de la expresión de ACACA en ambos tejidos [24].
Otros genes que tuvieron alta expresión en la dieta HA10 son MYLIP
FIGURA 2. Identicación de las funciones biológicas de genes con
Log
2
FC DOWN en HA0 y UP en HA10 para higado
________________________________________________________________________Revista Cientica, FCV-LUZ / Vol. XXXII, rcfcv-e32144, 1 - 7
5 de 7
regulador de miosina yPLIN4 asociado con la composición de los AG
en cerdos ibéricos [35].
Considerando las correlaciones de los valores Log
2
de expresión
de los genes para L. dorsi e hígado (TABLAS VI y VII), se aprecia que,
cuando el Log
2
FC UP en HA0 y DOWN en HA10 la correlación es
positiva, lo contrario cuando el Log
2
FC DOWN en HA0 y UP en HA10.
Para L. dorsi hay 19 genes con correlación positiva > +0,80 y 13 con
correlación negativa< –0,80. Para hígado hay 6 genes con correlación
positiva > +0,80 y 9 con correlación negativa < –0.80. Al igual que
el aceite de girasol, M. oleifera y B. alicastrum [4, 12], la dieta con
inclusión de HA cambia la expresión de los genes, su efecto se ve
asociado al aumento o a la disminución de la GIM.
TABLA VI
Correlaciones signicativas entre los genes y la GIM para
Longissimus dorsi
Gen r P grado Gen r P grado
PRKAR2A 0,97 0,001 1 ST8SIA5 -0,98 0,0004 2
PPP2R3A 0,97 0,002 1 ACADVL -0,96 0,002 2
SAMD4A 0,96 0,002 1 EBP -0,95 0,004 2
HERC2 0,95 0,003 1 PNPLA2 -0,94 0,005 2
PRKCI 0,95 0,004 1 FABP3 -0,94 0,01 2
KDM2A 0,95 0,005 1 PRDX2 -0,93 0,01 2
SP1 0,94 0,005 1 SMPD1 -0,92 0,01 2
KDM7A 0,93 0,01 1 AAMDC -0,90 0,01 2
DST 0,92 0,01 1 RORC -0,86 0,03 2
NR3C1 0,92 0,01 1 ADSL -0,85 0,03 2
SOX6 0,88 0,02 1 FGF1 -0,85 0,03 2
PTPN11 0,87 0,03 1 FRZB -0,84 0,03 2
NDEL1 0,86 0,03 1 LDHD -0,83 0,04 2
RGMB 0,83 0,04 1 SPOCK3 -0,78 0,07 2
ADAM22 0,82 0,04 1 ADORA1 -0,78 0,07 2
SNAI2 0,82 0,04 1 SLC27A1 -0,76 0,08 2
C4BPA 0,81 0,05 1 CTSD -0,73 0,10 2
IGF2R 0,80 0,06 1
ADIPOQ 0,80 0,06 1
KIAA0753 0,79 0,06 1
FAT1 0,79 0,06 1
GSK3B 0,77 0,07 1
PLBD1 0,77 0,07 1
HK2 0,77 0,07 1
OBSCN 0,76 0,08 1
RYR1 0,75 0,09 1
MYH1 0,74 0,09 1
ATG2B 0,72 0,10 1
JPH1 0,72 0,10 1
GIM: grasa intramuscular; r: coeciente de correlación; P: valor de
probabilidad; grado 1: Log
2
FCUP en HA0 y DOWN en HA10; grado 2:
Log
2
FCDOWN en HA0 y UP en HA10
TABLA VII
Correlaciones signicativas entre los genes y la GIM para higado
Gen r P grado Gen r P grado
LIPG 0,92 0,01 1 PLIN4 -0,94 0,005 2
CENPA 0,91 0,01 1 SMPD3 -0,92 0,01 2
BTG2 0,87 0,03 1 IDH3B -0,90 0,02 2
ALOX15 0,84 0,04 1 FADS6 -0,88 0,02 2
SERPINE1 0,81 0,05 1 SREBF1 -0,86 0,03 2
DENND2D 0,80 0,06 1 FAT4 -0,82 0,05 2
PPARD 0,76 0,08 1 GNMT -0,81 0,05 2
ANO3 0,75 0,08 1 ROBO2 -0,80 0,05 2
NPC1L1 0,74 0,10 1 ME1 -0,80 0,06 2
SLC24A4 -0,79 0,06 2
MTHFR -0,78 0,07 2
MYLIP -0,78 0,07 2
PCK2 -0,74 0,09 2
GPAM -0,72 0,10 2
GABRB2 -0,72 0,10 2
GIM: grasa intramuscular; r: coeciente de correlación; P: valor de
probabilidad; grado 1: Log
2
FCUP en HA0 y DOWN en HA10; grado 2:
Log
2
FCDOWN en HA0 y UP en HA10
TABLA VI (cont...)
Correlaciones signicativas entre los genes y la GIM para
Longissimus dorsi
Gen r P grado Gen r P grado
Genes de metabolismo lipídico en cerdos alimentados con Harina de Aguacate / Lemus-Flores y col. ____________________________________
6 de 7
CONCLUSIONES
Suplementar la alimentación de los cerdos con HA al 10% no
afectó el PF, aumentó el pH
45
y disminuyó la GIM. Al análisis de
transcriptomas en L. dorsi e hígado, comparando las dietas HA0 vs
HA10 se identican más genes con alta DEG Log
2
FC (UP), relacionados
con mayor inuencia en el aumento de GIM. Con valores más altos de
Log
2
FC y P<0,001 se identicaron a genes UP en HA10 más asociados
al metabolismo de los AG. Las correlaciones entre los valores Log
2
de expresión de los genes con GIM, identican en L. dorsi a más
genes con correlación positiva y negativa que en hígado. La HA afecta
la GIM y ocasiona cambios en la expresión de genes asociados al
metabolismo de lípidos.
AGRADECIMIENTO
Al CONACYT por nanciar del fondo I0002, convocatoria PDCPN
2014-1, el proyecto: Uso del aguacate de desecho en la manipulación
de la calidad y composición de la carne de cerdos y ovinos para
producir alimentos funcionales con estabilidad oxidativa.
CONFLICTOS DE INTERÉS
Los autores declaran que no existen conictos de interés.
REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS
[1] ADEGBENRO, M.; AGBEDE, J.O.; ONIBI, G.E.; ALETOR, V.A.
Composite leaf meal: effects on haematology and biochemical
indices of growing pigs. Arch. Zoot. 19: 65-76. 2016.
[2] ALBUQUERQUE, A.C.; ÓVILO, Y.; NÚÑEZ, R.; BENÍTEZ, A.;
LÓPEZ-GARCIA, F.; GARCÍA, M.R.; FELIX, M.; LARANJO, R.;
CHARMECA-MARTINS, J.M. Comparative transcriptomic analysis
of subcutaneous adipose tissue from local pig breeds. Genes.
11(4): 422. 2020.
[3] ASSOCIATION OF OFFICIAL ANALYSIS CHEMISTRY (AOAC.).
Ocial Methods of Analysis. 15 th. Ed. Gaithersburg, Maryland.
USA. Pp 684. 1997.
[4] BENÍTEZ, R.; NÚÑEZ, Y.A.; FERNÁNDEZ, B.; RODRÍGUEZ, C.; DAZA, A.
Adipose tissue transcriptional response of lipid metabolism
genes in growing Iberian pigs fed oleic acid v. carbohydrate
enriched diets. Anim. 10: 939-46. 2016.
[5] BENÍTEZ, R.A.; FERNÁNDEZ, B.; ISABEL, Y.; NÚÑEZ, E.; DE
MERCADO, E.; GÓMEZ-IZQUIERDO, J.; GARCÍA-CASCO, C.; LÓPEZ-
BOTE, C.; OVILO, C. Modulatory effects of breed, feeding status,
and diet on adipogenic, lipogenic, and lipolytic gene expression
in growing Iberian and Duroc pigs. Int. J. Mol. Sci.19(22): 1-20.
2018.
[6] BENÍTEZ, R.N.; TRAKOOLJUL, Y.; NÚÑEZ, B.; ISABEL, E.;
MURANI, E.; DE MERCADO, E.; GÓMEZ-IZQUIERDO, J.; GARCÍA-
CASCO, C.; LÓPEZ-BOTE, C.; WIMMERS, K; ÓVILO, C. Breed,
diet, and interaction effects on adipose tissue transcriptome
in Iberian and Duroc pigs fed different energy sources. Genes.
10(8): 589. 2019.
[7] BENÍTEZ, R.; NÚÑEZ, Y.; AYUSO, M.; ISABEL, B.; FERNÁNDEZ-
BARROSO, M.A.; DE MERCADO, E.; GÓMEZ-IZQUIERDO, E.;
GARCÍA-CASCO, J.M.; LÓPEZ-BOTE, C.; ÓVILO, C. Changes in
Biceps femoris Transcriptome along Growth in Iberian Pigs Fed
Different Energy Sources and Comparative Analysiswith Duroc
Breed. Anim. 11: 3505. 2021.
[8] D’SOUZA, D.N.; PETHICK, D.W.; DUNSHEA, F.R.; PLUSKE, J.R.;
MULLAN, B.P. Nutritional manipulation increases intramuscular
fat levels in the Longissimus muscle of female nisher pigs.
Aust. J. Agric. Res. 54: 745–749. 2003.
[9] DURAN-MONTGÉ, P.; REALINI, C.E.; BARROETA, A.C.; LIZARDO,
R.; ESTEVE, GARCÍA, E. Tissue fatty acid composition of pigs
fed different fat sources. Anim. 2: 1753-1762. 2008.
[10] DURAN-MONTGÉ, P.; THEIL, P.K.; LAURIDSEN, C.; ESTEVE,
GARCÍA, E. Fat metabolism is regulated by altered gene
expression of lipogenic enzymes and regulatory factors in liver
and adipose tissue but not in semimembranosus muscle of pigs
during the fattening period. Anim. 3: 1580-1590. 2009.
[11] DZIB-CAUICH, D.; LEMUS-FLORES, C.; BUGARÍN-PRADO, J.O.;
AYALA-VALDOVINOS, M.A.; MOO-HUCHIN, V.M. Perl de ácidos
grasos en músculo Longissimus dorsi y expresión de genes
asociados con metabolismo lipídico en cerdos pelón mexicanos
y cerdos Landrace-Yorkshire. Livest. Res. Rural Dev. 32(115):
1-8. 2020.
[12] DZIB, C.D.; SIERRA, V.A; LEMUS-FLORES, C.; BUGARÍN, J.O.;
GRAGEOLA, N.F.; SEGURA, C.J.; MOO, H.V. Effects of Moringa
oleifera and Brosimum alicastrum partial feed substitution in
intramuscular fat and adipose tissues and on the expression
of lipogenic genes of Mexican hairless pigs. Austral J. Vet. Sci.
53: 153-160. 2021.
[13] EZZAT, S.M.; BISHBISHY, E.L.; ABOREHAB, M.H.; SALAMA, N.M.;
HASHEESH, A. Up regulation of MC4R and PPAR-α expression
mediates the anti-obesity activity of Moringa oleifera Lam. in
high-fat diet-induced obesity in rats. J. Ethnopharmacol. 251:
112541. 2020.
[14] FAN, L.; PENG, Y.; WU, D.; HU, J., SHI, X.; YANG, G.; LI, X. Dietary
supplementation of Morus nigra L. leaves decrease fat mass
partially through elevating leptin-stimulated lipolysis in pig
model. J. Ethnopharmacol. 249: 112416. 2020.
[15] FERNÁNDEZ, A.I.; ÓVILO, C.; BARRAGÁN, C.; RODRÍGUEZ,
M.C.; SILIÓ, L. Validating porcine SCD haplotype effects on
fatty acid desaturation and fat deposition in different genetic
backgrounds. Livest. Sci. 205: 98-105. 2017.
[16] GONZÁLEZ-JIMÉNEZ, C.; LEMUS-FLORES, C.; BECERRA–VERDÍN,
E.; BUGARÍN-PRADO, J; MEJÍA-MARTÍNEZ, K. Antropométrico
and serum lipid proles in overweight men who consumed pork
fed with avocado our. Abanico Vet. 11: 1-16. 2021.
[17] HERNÁNDEZ-LÓPEZ, S.H.; RODRÍGUEZ-CARPENA, J.G.; LEMUS-
FLORES, C.; GALINDO-GARCÍA, J.; ESTÉVEZ, M. Antioxidant
protection of proteins and lipids in processed pork loin chops
through feed supplementation with avocado. J. Food Sci.
Technol. 53(6): 2788–2796. 2016
a
.
[18] HERNÁNDEZ-LÓPEZ, S.H.; RODRÍGUEZ-CARPENA, J.G.; LEMUS
FLORES, C.; GRAGEOLA – NÚÑEZ, F.; ESTÉVEZ, M. Avocado waste
for nishing pigs: Impact on muscle composition and oxidative
stability during chilled storage. Meat Sci. 116(6): 186-192. 2016
b
.
________________________________________________________________________Revista Cientica, FCV-LUZ / Vol. XXXII, rcfcv-e32144, 1 - 7
7 de 7
[19] JANKOWIAK, H.; CEBULSKA, A.; BOCIAN, M. The relationship
between acidication (pH) and meat quality traits of polish white
breed pigs. Eur. Food Res. Technol. 247: 2813–2820. 2021.
[20] JIMÉNEZ–JACINTO, V.; SANCHEZ-FLORES, A.; VEGA-ALVARADO, L.
Integrative differential expression analysis for multiple experiments
(IDEAMEX): A web server tool for integrated RNA-Seq data analysis.
Front. Genet. 11: 279.2019.
[21] KATSUMATA, M. Promotion of intramuscular fat accumulation in
porcine muscle by nutritional regulation. Anim. Sci. J. 82: 17-25. 2011.
[22] KIM, TW.; KIM, C.W.; YANG, M.R.; NO, G.R.; KIM; S.W.; KIM, I.S. Pork
Quality Traits According to Postmortem pH and Temperature in
Berkshire. Korean J. Food Sci. Anim. Resour. 36(1): 29-36. 2016.
https://doi.org/h5bs.
[23] LEMUS, C.; BUGARÍN, J.; GRAGEOLA, F.; RODRÍGUEZ, J.G.; MEJÍA,
K.; VALDIVIA, R. Características químicas de la pasta de aguacate
hass fruto completo (Persea americana Mill) mexicano de Nayarit
destinado a la alimentación animal. Rev. Comp. Prod. Porc. 24(2):
112-118. 2017.
[24] LEMUS–AVALOS, G.; LEMUS–FLORES, C.; BUGARÍN-PRADO, J.O.;
GRAGEOLA-NÚÑEZ, F.; AYALA–VALDOVINOS, M.A.; DUIFHUIS-
RIVERA, T.; MOO-HUCHIN, V.M.; DZIB–CAUICH, D. Effect of diets
with avocado meal on lipids in muscle, antioxidants and gene
expression in nished pigs. Rev. Bio. Cien. 7: e968. 2020.
[25] LEMUS–FLORES, C.; BUGARIN, P.J.; GRAGEOLA, N.F.; VALDIVIA,
B.R.; RUIZ, D.I.; BONILLA, C.J.; SEGURA, C.J. The effect of avocado
our, sunower oil and different forage: concentrate ratios in the
nal diet on feed intake, digestibility and productive performance
of male sheep. Veterinarski Arhiv. 90(4): 353-364. 2020.
[26] MALGWI, I.H.; HALAS, V.; GRÜNVALD, P.; SCHIAVON, S.; JÓCSÁK,
I. Genes Related to Fat Metabolism in Pigs and Intramuscular Fat
Content of Pork: